今、使用しているDELLのSC430にギガビットのNICを入れていますが、wgetやw3m,ftp,firefox等で、比較的大きいファイル転送を行うと、途中で止まってしまうことが、多々あります。

原因は良くわかりませんが、txqueuelenを変更してみたところ、解消されたように思えます。
デフォルトでは、txqueuelen 1000となっている所を、2000に変更しました。

#> ifconfig eth0 txqueuelen 2000 up

実際、これが解決に至っているのかは、不明ですので、あくまでも参考までにと言うことで。
ちなみに、txqueuelenは送信キューの長さ（サイズ）の事です。