ある先生から、FTPでWEBサーバに接続し、上書き転送すると、拒否されるとの連絡があったので、調べてみました。

最初は、旧サーバからファイルを移行したので、所有者を変更していなかったからと思っていたのですが、この点は問題ありませんでした。

早速、テストで上書きしてみると、
proftpd Overwrite permission denied
と確かに上書きが出来ずにエラー

FTPサーバ(Proftpd)の設定を見てみたところ、
ある特定のディレクトリーが
AllowOverride on
になっており、その他は、デフォルトでoffのようです。
従いまして、

<Directory /*>
AllowOverwrite on
</Directory>

とし、設定を保存し、FTPサーバ(Proftpd)を再起動することで解決