MySQLのバージョンを5.0から5.1にあげたところ、いくつかのデータベースに障害が出ました。

非互換や問題のあるデータベースだと、修復や、勝手にデータベース名が変更されるなどの症状が出る場合があります。

もし、そのような症状が出た場合には、phpMyAdminで作業すると楽だと思います。

詳しくは、MySQL 5.0 から 5.1 へのアップグレード参照

非互換の変更:MySQL

5.1

の実装ではランタイム時のコンポーネントのローディングおよびアンローディングをサーバの起動なしで行うプラグイン

API

をサポートしています。項25.2. 「The MySQL Plugin Interface」。プラグイン

API には mysql.plugin

テーブルが必要です。MySQL

の旧バージョンからアップグレードするには、mysql_upgrade

コマンドを実行してこのテーブルを作成します。項4.5.4. 「mysql_upgrade — MySQL アップグレードのテーブル チェック」

参照。